漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI捕快赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最终，逃亡者的车辆掉落山崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，成果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状况，身上的手机也破损无法运用。柯南等人容许要帮她康复回忆，当他们众说纷纭之际，藏在暗处的黑衣安排成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其实在身份发生置疑。　　刚刚还一派吉祥的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，底子会想到跟着那名奥秘女子技艺的康复，自己立刻就要被卷入漆黑安排的杀戮和混乱之中……