十多年前一只具有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”突击了木叶忍者村，其时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者校园，结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波宗族的传人之一，当他还是小孩的时候他的哥哥——一个现已具有高超忍术的忍者将他们宗族的人都杀死了，然后投靠了一直想将木叶村消灭的大蛇丸，佐助自小就发誓要逾越哥哥，为宗族报仇。鸣人他们在忍者校园得到了教官卡卡西的精心指点，在他的帮助下去迎接成长中的一次又一次应战！