被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强壮的愤怒逃离了科研所，它宣告要对制造出自己的人类进行复仇。　　现已得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵练习大师为目标而不断的游览，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和伙伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚结束了和练习家的对战，接着收到了一封神秘人的约请函，约请他们参与世上最强的小精灵练习家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强练习家的约请。他们很痛快的容许了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸总算到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵练习家进场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战行将开端......