地球聯邦政府與自護公國之間，發生了一場人類首次經歷的大規模宇宙戰爭。在戰爭的最後一年裡，人造機動兵器-機動戰士正式投入到人類的戰事中。居住在宇宙植民區的一位少年嘉美尤S為反抗聯邦軍軍人而奪去新式的機動戰士 - 高達MK-II，並投身於反地球聯邦組織『奧干』的队伍。被奪去高達MK-II的聯邦軍的精英分子，組織了『泰坦斯』，使用卑劣的方法，脅持了嘉美尤的爸爸妈妈作人質。最後，嘉美尤的爸爸妈妈就在他的面前慘遭棘手。站在嘉美尤旁邊的古華多羅Z納，竟便是曾经自護公國的王牌馬沙，而他的夢想便是要令軍隊變得所向無敵。嘉美尤從失掉爸爸妈妈的悲傷中从头振作，並為『奧干』作戰，他穿越了大氣層降落到地球上，並遇到一個神秘男子。原來這人便是馬沙曾经的死對頭-傳奇人物亞寶