抱持着协助他人而化身魔法少女，与此同时却有必要背负着严酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）完全耗尽自己的生命。当她的尸身被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的老友鹿目圆（悠木碧 配音）感遭到史无前例的悲伤与苦楚。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不由让她遭到史无前例的触动。在杏子的主张下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）会面。有关魔女的出路与生命，她们走上一条凶险非常的路途……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话从头编集而成。