高町奈叶（田村由香里 配音）是一位普通的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告知奈叶，她正在寻觅遗落人世的邃古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人世界形成巨大的破坏，接二连三的曲折之后，奈叶成为了帮助尤诺收回种子的魔法少女，开端了一段充满了风险和影响的奇幻旅程。　　某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶相同同为收回种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶可以打败这样一位微弱的对手吗？关于菲特来说，温顺而又尽力的奈叶又是一种怎样的存在呢？