高町奈叶(田村由香里 配音)是一位普通的高中三年级学生,某日,在上学的路上,她同来自异世界米德其路达的尤诺(水桥香织 配音)相遇了。尤诺告知奈叶,她正在寻觅遗落人世的邃古遗产“圣石之种”,这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量,如果弃之不顾有可能在人世界形成巨大的破坏,接二连三的曲折之后,奈叶成为了帮助尤诺收回种子的魔法少女,开端了一段充满了风险和影响的奇幻旅程。 某日,一位名叫菲特(水树奈奈 配音)的金发少女出现在了奈叶的面前,她和奈叶相同同为收回种子的魔法少女,也就是说,她们的关系是竞争者。奈叶可以打败这样一位微弱的对手吗?关于菲特来说,温顺而又尽力的奈叶又是一种怎样的存在呢?