在太一一行人告别数码国际后，数码国际并没有就此封闭朝向人类的大门，而数码国际的内部却没有太平多少时日，就又开端了纷争。　　数码国际急需一批被选中的孩子来维护数码国际和人类国际的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时刻可以和数码宝贝们一起并肩作战，只要阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战役的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参加。所以，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开端了同邪恶势力的作战……