小学时期，游水部的四名成员在结业前的游水竞赛中夺冠，之后他们结业的结业，出国的出国，四人各奔前程。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与旧日的游水部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约好到从前的游水馆去。在废弃的游水馆里，他们竟然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，旧日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，成果遥输给了他。　　遥、真琴和渚决定建立游水部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为方针，进行严重的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游水部也在为大赛作准备。他们约好，要在赛场上决一高低。充溢激情和生机的游水部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。