近未来的日本，一个叫做“疏濑”的城市中，市民过着普通的日子，只不过，在城市的一角，山冈上面耸立着医疗机器制造厂建造的外形酷似熨斗的工厂，每天固定时刻，那个工厂都像刚烫完东西一样散发出大量蒸汽。　　小学6年级学生直太，与高中女生真见美，直太那个留学的哥哥的女友，一同在河滨打发时间。本该是持续普通的日子，随着传说中的蜜蜂女——睛子驾驭的电车撞上直太而结束了。直太头上长出了奇怪的角！而睛子居然成为直太家的仆人进入了直太家。睛子的秘密与她口中常念起的“FLCL”的含义，令直太的日子有了天翻地覆的改变。