一般的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者奋斗中丧身。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者魂灵附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的存亡决战揭开序幕.....