为了对抗忽然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊法力的少女们罢了……。由联合军主导的柏林夺还作战总算发动，再次成军的第501统合战役航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」参加后，与涅洛伊的殊死战役逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？