根据前史真实事件改编而成的《重庆谍战》，讲述了抗日战争期间，国民党政府为了破译日军暗码，邀请美国的暗码破译专家雅德利加入自己的阵营，并创办了“黑室”暗码破译基地的故事。 1937年，抗日战争全面迸发，南京失守，国民党政府迁往陪都重庆。但日本空军多次轰炸重庆，我国军民死伤无数。重庆政府决定建立我国的暗码情报机构。差遣奸细秦骜去武汉争夺人称“暗码之父”的美国专家雅德利。在武汉，秦骜总算见到分开两年的未婚妻扈渝雯，后者现已成为武汉中共地下党员陆涯的妻子。秦骜的呈现，打破了她这两年安静的生活。雅德利不肯去重庆服务。而武汉日军也不断派人暗算雅德利。此刻地下党员陆涯接到上级使命，让他帮忙重庆来的秦骜，将雅德利送往重庆。在执行使命的过程中，陆涯发现本来妻子渝雯竟然是国民党奸细。但陆涯仍坚持统筹兼顾，解救秦骜、渝雯于危难之中，带着雅德利一起来到了重庆黑室。这个技能机构在国共合作的大背景下建立，陆涯、秦骜、渝雯、雅德利等人都加入了黑室。黑室世人团结一心，在破译日军情报方面，屡有斩获。但安静的日子总是十分时间短，某日，黑室为了举行军事会议而选用的最高级别的三A级暗码本被雅德利偷走，在黑室大老板唐大铭的安排下，陆涯受命带人追捕“叛徒”雅德利。但其实，这是唐大铭为了查出黑室中长期隐匿的内奸“独臂大盗”而施行的“钓鱼举动”。陆涯的同事李克江等人系数被日本人杀戮，陆涯孤身逃出。因为只要陆涯一人生还，因此被黑室认定就是内奸“独臂大盗”。陆涯不能证明自己的洁白，只能孤身逃亡。秦骜受命紧紧追捕陆涯。陆涯堕入危难，渝雯忽然呈现，以秦骜的性命相挟制，帮助陆涯逃脱。秦骜对陆涯的更加怨恨，立誓一定要亲手抓住陆涯。陆涯和渝雯共同祸患，二人重归于好。陆涯和渝雯联手，规划找出和“独臂大盗”保持单线联系的日本奸细“四姐”。在寻找线索的过程中，陆涯意外发现唐大铭竟然和四姐过从甚密。此刻，黑室秘藏的三A级暗码本再度丢失，黑室堕入一片紊乱。秦骜也发现唐大铭的行为有颇多疑点。于是秦骜自动和陆涯示好，二人互通音讯，发现疑点都指向唐大铭。合理两人欲联手拿住唐大铭把柄之时，唐大铭忽然遭遇暗算。同一时间，陆涯从日本人手中抢回了真实的暗码本。听闻唐大铭已死，陆涯对秦骜产生了置疑。此刻一直以来被认为现已献身的李克江遽然呈现。他行踪诡秘，更加使局势扑朔迷离。其实，真实的独臂大盗是秦骜。李克江九死一生归来，忽然现身，在巨大的精神影响下，秦骜向李克江承认了全部现实，并标明改邪归正的决心，李克江信任了秦骜，为了让秦骜能够摆脱置疑，日后可以对国家做更多有利的事情。李克江替秦骜顶下了内奸的骂名，并被秦骜亲手杀死。尽管李克江作为“独臂大盗”死去，但仔细的陆涯还是发现了秦骜的种种可疑痕迹，仍旧置疑秦骜才是真实的独臂大盗。但陆涯苦于无法找到证据。这时渝雯忽然发生车祸，脑部遭到重击，失去了一切和陆涯的记忆，只记住自己曾是秦骜的未婚妻，并从头投入秦骜的怀抱。陆涯堕入苦楚之中。但其实这是渝雯的一个计策，她用自己来施行“美人计”，她成为秦骜的妻子，在朝夕相处的情况下困难寻找着证据。饱经险阻，渝雯总算找到了的确的证据。但紧接着，她差点被秦骜身边安插的日本人奸细杀戮，危如累卵之际，秦骜呈现，杀死了日本奸细，放走了渝雯。渝雯逃回黑室，从她带回的证据中找出日军方面有关SQ4的情报，SQ4是一种杀伤力巨大的病菌，日本要在重庆发出这种病菌，构成细菌战。陆涯分析出秦骜或许早已改邪归正。的确，秦骜早已成为埋伏在日本人身边的眼线。为了保护我国人的安全，秦骜以献身自己的生命为代价，消灭了一切SQ4。但在黑室的上级中依然隐藏着日本奸细“千手观音”。为了施行日军丧心病狂的细菌战方案，“千手观音”也不吝让自己身染病毒，使得病毒继续在重庆蔓延。陆涯挺身而出，与“千手观音”同陷火海之中，保卫了重庆的安全……夕阳西下的天边，怀孕的渝雯满面泪水地看着烈烈焚烧着的火海，看着自己的爱人与敌人玉石俱焚。 1945年抗战成功。神州处处，都有英豪的斑斑血泪，无尽英魂。