1949年，解放军平和解放新疆，新疆军区成立，甘祖昌担任后勤部副部长。当时，敌特支撑投机倒把分子新疆扰乱物价，大举独占黄金银圆，妄图从经济上困死解放军，甘祖昌低价将银圆投入流转商场，打击奸商气焰，安稳商场，安稳新疆政局。这以后，敌特分子为报复甘祖昌制造事故，令他头部重伤。1955年甘祖昌被颁发少将军衔，和他同村一起入伍的李保山则授校衔。李对甘很嫉妒，违纪后被解职回乡。甘祖昌脑震荡后遗症严峻，自觉不在适合服务军队，加之回家后看到家园虽解放但日子仍贫穷，自请辞去职务，投笔从戎，回到老家江西莲花县沿背村。回乡后，他不辞辛劳，持续为家园经济建设做贡献。他排除万难，修整水旱田，建筑水库，创立公社农科所等，使农民日子大有改进。甘祖昌不恋高位而挑选贡献，不图享用而甘于奋斗的精神成为领导干部的榜样，时代的先锋。