正在调查坠落在太平洋上的不明飞翔物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子规范的变质，变成了凶暴的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特别机关BCST（对生物工程学的研讨机关）的监督下逃走，从此就没了音训。　　另一方面，航空自卫队F15J飞翔员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪同患有先天性疾病的儿子继梦决议辞去官职。在最后一次飞翔中真木与“赤色发光体”在空中相遇。这是the one事情后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞翔员，打开了新生活。对这样的真木还是有机关非常重视，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研讨室进行身体上的监督。此刻行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西招引而回来了。遭受THE ONE进犯而濒死的真木，身体发生了改变，在赤色光球的力量之下变身了！变成身高10M具有银色光辉的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE打开作战，但是因为变身不完全，能量快速耗费，在遭到决议性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。　　真木在从东京被护送回BCST研讨室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此刻,人类最大的危机出现了,在吸收了林林总总的生物进入体内而发生变异的THE ONE重返出现在新宿的大街上,从口中宣布的的超绝火炎光弹将大街焚毁殆尽有恸的品格现已被THE ONE取代,现已成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，而且为了跟儿子继梦的约定，为了维护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在直接部有像流血般的赤色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与THE ONE的决战之火开端燃烧了！