四个情同手足的乌龟少年一向生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高明的“忍者神龟”，巴望被人类接收的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开端追寻一个奥秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物戎行的降临，同样归于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……