柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有撒播，大约有关淹没于海底的古代遗址“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的瑰宝传说。小兰和园子不惧撒播，在“海底宫殿”邻近潜水时，意外遇到一大群正在寻觅宝藏的猎人，不料其中一人忽然遭鲨鱼进犯，不幸身亡！小兰和园子走运逃难，柯南见那位猎人死状怪异，与灰原一起打开查询。 　　柯南以为猎人之死，跟瑰宝传说有着莫大关系，他试图解开背面原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组奥秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却忽然现身，并偷走了原来发现的瑰宝！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的消息是什么？“海底宫殿”有什么隐秘？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题