1999年的东京，一部军用的机械人在无人的情况自动发动、一个名为帆场瑛一的篠原重工天才程序员自杀；谁也没想到，两起无关事情却会在将来把东京带入恐怖中。从建筑施工现场到人们的日常日子，处处都可以见到一种被称为“Labor”的大型机器人。面临Labor相关违法日积月累的局势，差人局成立了特别车辆二课，配备专门机器人PatLabor，担任处理特别业务。Labor到了更新换代的时期，作为机器人大脑的电脑操作系统升级为HOS。正在这时，突然产生多起机器人失控事情，机动差人小队担任查询此事。他们发现这是由与HOS有关的电脑病毒所导致的，而肇事者现已销毁了所有材料行踪不明。在东京湾，制造巨型海上方舟以处理东京土地问题的巴比伦方案现已到了关键时刻，那里集结了全国45%的Labor机器人，这些机器人一旦失控结果将不堪设想…… 　　本片为TV动画《机动差人》的剧场版。