繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯（威廉·菲德内尔 William Fichtner 饰）推出最新安保系统，发誓保护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）偶尔拍到大脚帮被四名奥秘侠客挫败的画面，在第2次遭受非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的姓名勾起了爱普尔儿时的回忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异试验的同伴。她将这个音讯告知给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会晤后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……
　　本片依据同名经典漫画改编