第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部炸毁“母体”，他的身体在真实国际的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实国际的中间地带，这个地方由“火车人”操控。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的操控者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此刻，电子乌贼部队对锡安发起了强烈的攻击，人类安排所有机甲战士展开坚强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驭了一艘飞船战胜重重困难，抵达机器城市，尼奥终于见到了机器国际的统治者“机器大帝”，双方商洽并达成了协议：尼奥除去不受“母体”操控的史密斯，以换取锡安的平和。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最终决斗