第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在实在国际的飞船上陷于昏倒，思想却被困在介于“母体”和实在国际的中心地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。　　此刻，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的进犯，人类组织一切机甲战士打开坚强的抵抗，局势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驭了一艘飞船克服重重困难，抵达机器城市，尼奥终于见到了机器国际的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除去不受“母体”控制的史密斯，以交换锡安的平和。　　在“母体”中，尼奥和史密斯打开了联系人类生死存亡的最后决战。