尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵发明出来，周而复始的日常国际，另一个则是躲藏这以后，真实的人类国际。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出挑选……