工藤新一是全国闻名的高中生侦探，在一次清查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了常常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，私自清查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻觅男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南旅居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一能够籍着和他一同四出办案一同清查黑夜人的下落。柯南在小学知道步美等小学生，他们一同组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！