上一部结束，尼奥（基奴李维斯 饰）总算意识到自己的才能和任务，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，遭到人们的热烈欢迎。　　此刻，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻觅“制钥者”，预备从内部损坏；而本该被尼奥消除的特勤史密斯好像出了点问题，脱离了“母体”的控制，具有可怕的仿制才能，阻止尼奥他们的行动。