怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的保藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。历来追逐豪华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 　　此刻，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 　　同一时间，一具尸身在函馆库房街被发现，尸身的胸口有一个十字伤口。搜寻中，出现了一位被叫做“死之商人”的活泼于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻觅斧江家初代家主藏在函馆的瑰宝。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那瑰宝是能扭转幕末纷争的强力武器，而这瑰宝好像和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联络。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德迫临……