故事发生在第一部的四年之后，此刻特警K（汤姆?李?琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔?史密斯 饰）则持续从事MIB的工作。 　　卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占据了MIB的总部。而当年流亡到地球的萨塔公主萝娜曾恳求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件工作的K为了地球的安全，拒绝了她。 　　面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻觅k，调查当年事情的本相，怎样压服失掉回忆的K相信外星人的存在，成了J面对的第一个难题……