五年的追逐化为泡影，跟着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些往常的案子。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆破案。尽管穆德和斯科莉竭力疏散写字楼内的人群，但爆破仍是夺取了4名无辜者的性命，他们也因而受到上级的指责。可是事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆破之前便已逝世，所谓爆破案不过是某个奥秘部分为了掩盖依据而实施的圈套。该部分听说多年来一直从事外星人的研讨，而且他们的研讨足以导致人类的消灭。两名伙伴决议彻查此事，可是奥秘且难以抵抗的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步……　　本片为同名美剧的第一部剧场版。