环绕蟹黄堡的奥秘配方，痞老板和蟹老板打开了新一轮的战役。虽然海绵宝宝成功挫折痞老板的猛烈攻势，可是却仍然中了对方的狡计。关键时刻，配方凭空消失，直接后果便是导致没人能再做出蟹黄堡。对于日常极度依靠蟹黄堡的比奇堡的居民来说，这一消息无异于晴天霹雳。小镇的安静化为乌有，海底世界堕入末世般的紊乱与动荡之中。因为搭救了痞老板，海绵宝宝被大家当作叛徒对待。危机时刻，海绵宝宝、派大星、痞老板、蟹老板、松鼠珊蒂、章鱼哥得以穿越时空，并顺着蟹黄堡的香味来到了人头攒动的沙滩上。 在那里他们遇见了利用狡计偷走秘方的胡子海盗（安东尼奥·班德拉斯 Antonio Banderas 饰），于是一场蟹黄堡的攻防战由此打开……