哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，可是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制作对立哥斯拉的兵器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级兵器"Super_X"改造成为"Super X2"，此刻哥斯拉在三原山里竟然又开端活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物逝世，于是白神博士便加入ANB方案，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物结合制作了不死植物碧奥兰蒂，可是在一次的事件当中碧奥兰蒂被释放出来并且在芦之湖巨大化。此刻三原山爆破，哥斯拉再度呈现，自卫队无法阻挡哥斯拉 往东京方向移动，后来出动了"Super X2"使哥斯拉改动移动方向，可是在哥斯拉不间断的进犯之下"Super X2也败下阵来，可是没有想到哥斯拉此刻却朝着碧奥兰蒂的所在地移动.....