数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。可是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门抵挡各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强壮的成员，便是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。 　　此外，为了敷衍怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊才能的人类，这些“超人类”拥有一般人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比一般人更强壮的体能跟敏捷性，以敷衍怪兽的攻击，其间的佼佼者便是“尾崎真一少尉”。 　　就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，并且怪物拥有机械跟生物的实质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的正告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的呈现代表着人类...