自2002年X档案的六年后，前联邦捕快丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的重视。某天，FBI捕快前来恳求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州连续有数名女子奥秘失踪，其中甚至包含一名联邦捕快。因为神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了违法画面，因而FBI期望对超自然案子有着丰厚经历的穆德和斯科莉帮忙查询。但是跟着查询的深化，穆德和斯科莉却发现案子的漆黑远远超出他们的幻想。这对合作多年的搭档面临着巨大的检测……　　本片为同名美剧的第二部剧场版。