愁云布满的20世纪中叶，出身日本普通家庭的杉原千亩（唐泽寿明 饰）凭借卓越的言语天分和情报分析能力进入日本外务省，并被外派到伪满洲国外交部作业。他在作业中超卓彰显了本身的实力，也被苏联方面判定为“不被欢迎之人”。在1939年，杉原千亩到差立陶宛的大使馆，随时监督着欧洲大国的动向。未过多久，德国悍然向波兰发起闪电突击，破坏力巨大且深远的第二次世界大战旋即拉开序幕。由于残酷的种族清洗，成千上万犹太人沦为难民。他们扶老携幼，寻觅全部或许而微茫的求生时机。终究他们涌向日本驻立陶宛大使馆，乞求杉原千亩发放过境签证流亡。　　迫于和德国的同盟联系，日本方面拒绝难民的请求。站在国家利益和人性的交界处，杉原千亩做出了严重的决定……