本作是为了纪念在1996年起开端的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越很多的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并取胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在阅历一段时间后，游戏等人从头回归平凡的日子。但是，一名自称蓝神的奥秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方开掘“千年积木”并打算将其从头完成，企图再度复活暗游戏。