「攻殻機動隊」の士郎正宗が原案、「エクセル・サーガ」の六道神士が漫画を手がけるコミック「紅殻のパンドラ」をアニメ化。先進国の一部ではサイボーグや自律ロボットが遍及しはじめた時代。幼い頃の事故が原因で脳以外の全身を義体化した少女・七転福音（ななころびねね）は、親類を頼って人工のリゾートアイランド「セナンクル島」にやってくる。しかし、そこで待っていたのは、重装备のテロリストや很多破壊武器がのさばる途方もない新生活だった。