故事设定在一个身怀法力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境地从运用白，转而到运用魔法，继而变成了运用枪械。就读于培训用以撤销残存法力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会运用枪械，只靠一柄刀与敌人比武的特殊。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，望文生义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，具有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，居然加入了这支队伍。在带领队员动身执行收回魔导遗产的使命中，一场学园动作奇幻高文就此开始。