《Fatestay night [Unlimited Blade Works]》分割放送的第二期圣杯是传说中可完成持有者一切希望的宝藏。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的七名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与七名被称为Servant的使魔拟订契约。他们是由圣杯挑选的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被呼唤出来。能获得圣杯的只要一组，这七组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与Servant中的剑士Saber拟订契约，被卷进圣杯战争傍边……