突袭国际的大灾难“第二次冲击”后，国际在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎候的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危殆之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎候真嗣的，却是是父亲冷漠地指令：驾驭称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。　　本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驭员绫波丽后，决议遵从父亲的指令。就这样，从未受过作战练习的真嗣，预备驾驭EVA初号机迎战使徒。　　国际的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了举动。把握全部答案的碇元渡，却仅仅不动生色地观察，仿佛全部早已写入剧本。