舞台是标志理性的「青之国际」，然而正在遭受由本能支配的「红之国际」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira上任为青之国际研究员，随后由于能力拔尖而被选拔为最前哨的战役指挥官，受命担任横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战役单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前建立的第六战役单元「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），一起浴血奋战，应对来自异国际的攻击和威胁。在这样的日子中，他们的友情也在逐渐加深。