近未来，当年富贵喧嚣的东京因核电站事件变成了死城，被成为世界第一大鬼魂城市。但是即使在这座死寂的废墟中，仍有幸村者盘桓于此。20XX年，三名没有配备任何防辐射配备的少女出现在旧东京。她们名叫成濑荆（户松遥 配音）、深作葵（花泽香菜 配音）、野村妙子（明坂聪美 配音），是经过遗传基因改造生下来天然生成具有抗辐射才能的少女，总称“COPPELION”。在防卫大学附属特别工科学校教官三岛鬼兵陆佐（小山力也 配音）的指挥下，少女们四处查找幸存者，前所未有的阅历以及感受接二连三，少女们的心中作何感触……　　本片依据井上智德的漫画原作改编，COPPELION少女们的姓氏均来自日本闻名导演，普通人姓氏则来自日本的文豪作家。