日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁一般小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，人间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真实妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强壮灵力的巫女桔梗。通过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因而希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回一般人的日子。然而，对桔梗心存邪念的响马鬼蜘蛛将魂灵和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番离间下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在哀痛绝望中死去。　　桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉，却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充溢艰难险阻的旅途……