故事发生在悠远的未来，暴虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫安排TLT，其间，夜袭队拥有着最强大的实力和最微弱的武器，是整个安排内部的中坚力气。　　但是，面临经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的奋斗。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目击了奈克瑟斯奥特曼强大的力气后，开始对奥特曼的来源和姬矢准的奥秘过往产生了兴趣。