与白色彗星帝国作战三年后——为了解救接近灭亡的加米拉斯民族，戴斯拉总统持续探究新的母星，终究在银河的一处找到了契合条件的行星。但是，那里是强大的星际国家的疆域范围内。在银河中迸发的疆域纷争，导致与加米拉斯订立安全保证条约的地球被无情地卷入到了其中。给地球带来军事、经济优越性的时刻断层技术，以自己的生命为价值而消失了——尽管被自责的念头唆使着，但依旧担任着大和号新舰长的古代进，为了应对即将到来的事件，和新船员们一起开始了帆海训练。却也不知道其中混进了什么人在盯着自己。尽管如此还是要“活下去”在从未有过的不安时代，大和号迎来了新的旅程。在那前方，有着超乎想象的新敌人在等待着他们……