职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个一般的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”作业。　　作业的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事情。　　与部分的前辈即课长榊京一，和疯狂爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤作业。