《游戏王-怪兽之决战》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但由于中途漫画故事情节进展跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创造故事奠定下根底。　　决战者王国篇　　一卷奥秘的录像带，千年神器中千年眼的具有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中运用漆黑决战向武藤游戏挑战，但武藤游戏却由于时间停止而败北，武藤双六的魂灵也因此被千年眼的力气封印在魂灵封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回魂灵被软禁的爷爷，与同伴们前往决战者王国找贝卡斯决战，与互信的同伴们以及心中的另一个自己并肩作战。　　战役城市前篇　　决战者王国一战完毕，武藤游戏的知名度瞬间上升，奥秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的隐秘、三千年前的战役、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的回忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其间一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战役城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决战盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻觅心中的另一个自己的回忆，也便是无名法老王的回忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最终的参赛权，纷繁打开决战；奥秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其间。　　乃亚篇（动画原创）　　战役飞行船行驶人工岛的途中，飞行船体系却遭受到外来的侵略改写了体系，因此改动了航线，阻挠在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又呈现了奥秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决战，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战行将打开。　　战役城市后篇　　战役城市最终决战开始，每个决战者都各自有战役的理由，城之内为了成为真实的决战者、救出被马利克进行漆黑游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决战、为了根除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了完成与城之内的许诺、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予漆黑游戏惩罚的人们、更为了自己丢失的回忆，他向马利克宣战。　　多玛篇（动画原创）　　战役城市完毕后，武藤游戏遭受到了不知名力气的阻挠，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个奥秘的多玛安排抢分心之卡的意图究竟是什么，奥秘的卡片——“奥利哈刚的结界”具有的漆黑能量，又会带给运用这张卡片的人什么样的改动；黑魔导女孩从精灵的国际降临，向武藤游戏请求帮助，人类国际与精灵国际的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。　　海马集团大赛篇（动画原创）　　多玛事情完毕后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无法之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的竞赛。全国际的决战者集合在这，一场别开生面的竞赛就此打开。　　王之回忆篇　　为了寻觅寄宿在千年积木中无名法老王魂灵的真实名字与回忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在回忆石板的背后，解开了无名法老王的曩昔回忆，暗貘良也趁此刻蠢蠢欲动，利用了千年才智轮的漆黑力气，在千年积木内进行了一场漆黑RPG，这场漆黑RPG游戏中，直接以无名法老王的回忆当作布景，暗游戏必须从这场漆黑游戏中找回自己的真实名字、得知自己的曩昔，并且打败大邪神佐克，再一次封印，不然大邪神佐克也会在实际国际中复活。　　共有224集。