分隔在两个国际的爱力克兄弟二人，运用各自的手段尝试着兄弟再见。　　哥哥爱德华穿过“门”来到实在国际。公元1923年的德国慕尼黑，一场国际大战行将到来。无法在这个国际运用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一同研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的国际。另一边的炼金术国际，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一同寻找找回哥哥的方法。　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘安排开始了寻找理想国“香巴拉”的典礼，衔接炼金术国际与现实国际的“门”被打开了。　　兄弟二人的命运与两个国际的危机交错在一同，爱力克兄弟要面临史无前例的应战。