奥秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中心教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此完毕。　　在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第2次浩劫”本相以及“人类补完计划”的探查作业，还要保护碇真嗣与明日香，以及防范SEELE 对初号机与二号机的物理接触。　　出于对碇元度的憎恶，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。