具有一头青色头发的男主角姓名将叫作深井 青(フカイ·アオ，这姓名在日语中带有“深青”的含义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特别基因，使得他可以看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特别生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一起日子，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。　　女主角的姓名将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一起成长的两小无猜。娜露由于童年时的事端而使具有”ユタ”的力气(犹达，是日本冲绳以占卜为工作的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有可以听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是由于珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分交融，但正是由于这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一起日子中。　　本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上呈现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的进犯，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战役的故事就此打开。