故事发生在东京八丈岛近海，这儿建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设备“太平洋浮标”。在这座设备正式发动之前，为了与欧洲刑警安排管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 　　另一方面，柯南和少年侦探团在园子的款待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被奉告欧洲刑警安排的成员在德国遭到琴酒的杀害。为查询真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设备内部。之后，在为系统发动而稳步打开准备工作的设备内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣安排的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣安排的手里。 　　海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄然靠近……