2044年的纽约，大反派朗格勾通外星恶势力试图毁灭地球，很多外星人经过奥秘传送门侵略，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽垂死挣扎仍不敌敌人攻势，死伤沉重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到曩昔时空，找到开启传送门的钥匙，阻挠朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在曩昔时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了解救世界的举动。“我们的未来，我们自己做主”，忍者神龟们向朗格发起了终极应战。