第一集中，变异人在X教授的指挥下，将凶恶的万磁王打入冷宫，可是依然得不到社会的供认。在一次政治要人遭到暗算后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个具有很高名誉的前将军，率领着对立变异人的联盟接连对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手反抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。