公元2029年，未来国际是高科技与信息化的国际。人类生活水平的进步伴随着违法活动的高科技化，所以，专门镇压高科技违法的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断打开举动。　　是次，公安9课协助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷进传说中的黑客“傀儡师”的违法事件。当举动堕入僵局之际，傀儡师居然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷进了一场涉及政府的诡计之中。　　本作根据1995年动画电影《GHOST IN THE SHELL》改编，系剧情不变、画面完全重制的著作。